營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令規定辦理。
營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則、企業會計準則公報、金融監督管理委員會認可之國際財務報導準則、國際會計準則、解釋及解釋公告（以下簡稱國際財務報導準則）等據實記載，產生其財務報表。
至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、產業創新條例、中小企業發展條例、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、適用所得稅協定查核準則、營利事業適用所得稅法第二十四條之四計算營利事業所得額實施辦法、營利事業對關係人負債之利息支出不得列為費用或損失查核辦法、房地合一課徵所得稅申報作業要點、本準則及有關法令規定未符者，應於申報書內自行調整之。
營利事業申報之所得額達各該業所得額標準，經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額者，或經會計師查核簽證申報之案件，稽徵機關應依本準則及營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點規定辦理。
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