民間機構有本法第五十二條或第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，應依下列規定辦理：一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構者，其未經核定賸餘期間之營利事業所得稅，不得繼續依本辦法適用免稅。
二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構者，應向稅捐稽徵機關補繳已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
民間機構已依本法第三十六條規定免納營利事業所得稅，經主辦機關認定其參與之公共建設不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍者，應向稅捐稽徵機關補繳全部已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
主辦機關依第一項規定終止投資契約，或依前項規定認定民間機構參與之公共建設不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，通知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。
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