本局設下列科、室及稽徵所：一、綜合規劃科，分二股辦事。
二、服務科，分二股辦事。
三、稅務資訊科，分五股辦事。
四、審查一科，分三股辦事。
五、審查二科，分三股辦事。
六、審查三科，分三股辦事。
七、審查四科，分二股辦事。
八、徵收科，分二股辦事。
九、法務一科，分二股辦事。
十、法務二科，分三股辦事。
十一、秘書室，分四股辦事。
十二、人事室，分三股辦事。
十三、政風室，分二股辦事。
十四、主計室，分四股辦事。
十五、監察室，分三股辦事。
十六、民雄稽徵所，分四股辦事。
十七、佳里稽徵所，分四股辦事。
十八、新化稽徵所，分五股辦事。
十九、安南稽徵所，分四股辦事。
二十、東港稽徵所，分三股辦事。
二十一、潮州稽徵所，分四股辦事。
二十二、恆春稽徵所，分二股辦事。
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