法務二科掌理事項如下：一、綜合所得稅、遺產及贈與稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅行政救濟案件、非稅捐處分行政訴訟案件之審理及督導。
二、綜合所得稅、遺產及贈與稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅行政救濟業務之規劃、管制、督導及考核。
三、綜合所得稅、遺產及贈與稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅違章案件之審理、裁罰及行政事項之處理。
四、綜合所得稅、遺產及贈與稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅違章裁罰作業之規劃、管制、督導及考核。
五、其他有關各稅（營利事業所得稅、營業稅、菸酒稅及貨物稅除外）行政救濟及違章行政事項。
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