主辦機關之權責如下：一、國防科技工業產品銷售作業程序之擬定。
二、國防科技工業甲、乙級產品銷售案件之查驗、協調及轉陳。
三、國防科技工業乙級產品銷售獲授權案件之核定。
四、國防科技工業丙級產品銷售案件之核定。
五、國防科技工業產品銷售契約書或銷售後勤支援契約書之核定。
六、國防科技工業產品輸出、入許可之申辦。
七、遴選委託銷售法人團體及委託銷售計畫之核定。
八、銷售國防科技工業產品之數量、項目與金額之統計及彙陳。
九、科技工業機構銷售執行之監督與成效之考核。
十、其他主管機關指定之事項。
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