第16條主任書記官之權責事項如下：一、襄助檢察長及主任軍事檢察官處理本署行政事務。二、各書記官及所屬人員之指揮監督及工作調整擬議。三、其他經檢察長交辦事項。主任書記官因事故不能執行職務時，由檢察長指定階高資深書記官一人代理。