作戰及計畫參謀次長室掌理事項如下：一、國軍防衛作戰戰略構想指導、作戰序列、兵力部署之規劃；聯合作戰指揮中心編組開設；臺澎防衛作戰國軍戰備規定與經常戰備時期突發狀況處置規定之擬訂及危機處理。
二、國軍聯合作戰訓練演習之規劃及執行。
三、國軍聯合作戰圖上兵棋推演之辦理。
四、重要軍事設施（含要塞）管制、禁建、限建政策之執行與禁止、限制水域、禁航、限航空域及國防工事設施方針之擬訂。
五、國軍協助災害防救業務指導、協調、處理與國防部災害應變中心開設及兵力派遣。
六、國軍反恐制變相關業務與化學、生物、放射性、核子等防護政策指導及戰備整備之督導。
七、國軍整體防空之規劃、系統籌建、建案管制、作戰計畫擬訂、戰備督測及執行。
八、國軍聯合資電作戰與聯合作戰指揮機制之規劃、運用及需求建議。
九、聯合作戰建軍備戰需求之規劃、軍種兵力整建計畫及作需文件之審議；國軍主要武器系統與裝備採購作戰需求審定及國防軍事資源分配之建議。
十、參謀本部軍事交流案之綜辦與軍事事務區域合作、支援需求之規劃及建議。
十一、參謀本部組織法規之研擬與參謀本部及直屬機關（構）編裝之擬訂。
十二、後備部隊軍事動員召集政策、編組、演習之規劃、督導與動員令、復員令之簽核及下令作業。
十三、戰情動態狀況之蒐集、研判、通報及報告。
十四、其他有關作戰及計畫事項。
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