醫務計畫處掌理事項如下：一、軍醫政策、制度之擬訂及督導。
二、軍醫組織編裝之規劃、審議及督導。
三、國軍醫療機構經營機制與績效管理之規劃、核議及督導。
四、本局與所屬機構中、長期發展計畫之核議及督導。
五、國軍生產及服務作業基金（醫療事業）之規劃、核議及督導。
六、國軍醫勤獎助金之規劃及核議。
七、國軍衛生統計之規劃及督導。
八、全民健康保險醫療業務之協調、督導及執行。
九、本局與所屬機構醫務資訊作業之規劃及督導。
十、本局與所屬機構研考業務之規劃及督導。
十一、其他有關醫務計畫事項。
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