第12條國際組織司掌理事項如下：一、聯合國體系各組織相關事務之觀察、研析與推動參與各該組織之規劃、協調及執行。二、其他政府間國際組織、多邊合作機制、國際會議與活動業務之規劃、參與、觀察及研析。三、其他有關國際組織事項。