本法所定事項，涉及中央各目的事業主管機關職掌者，由中央各目的事業主管機關辦理；其權責劃分如下：一、法務主管機關：人口販運被害人鑑別法制事項、人口販運罪之偵查與起訴之規劃、推動及督導。
二、衛生主管機關：人口販運被害人指定傳染病篩檢、就醫診療、驗傷與採證、心理諮商與心理治療之規劃、推動及督導。
三、勞工主管機關：人口販運被害人就業服務、就業促進與保障、勞動權益與職場安全衛生等政策、法規與方案之擬訂、修正、持有工作簽證人口販運被害人之安置保護、工作許可核發之規劃、推動、督導及執行。
四、海岸巡防主管機關：人口販運案件之查緝與犯罪案件之移送、人口販運被害人之鑑別、人口販運被害人人身安全保護之規劃、推動、督導及執行。
五、大陸事務主管機關：人口販運案件涉及大陸地區、香港或澳門及其相關事項之協調、聯繫及督導。
六、外交主管機關：人口販運案件與人口販運防制涉外事件之協調、聯繫、國際情報交流共享、雙邊國家與非政府組織合作之規劃、推動及督導。
七、其他人口販運防制措施，由各相關目的事業主管機關依職權規劃辦理。
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