第5條為維持生態系統健全與穩定，促進整體環境之永續發展，加強濕地之保育及復育，各級政府機關及國民對濕地自然資源與生態功能應妥善管理、明智利用，確保濕地零淨損失；其保育及明智利用原則如下：一、自然濕地應優先保護，並維繫其水資源系統。二、加強保育濕地之動植物資源。三、具生態網絡意義之濕地及濕地周邊環境和景觀，應妥善整體規劃及維護。四、配合濕地復育、防洪滯洪、水質淨化、水資源保育及利用、景觀及遊憩，應推動濕地系統之整體規劃；必要時，得於適當地區以適當方式闢建人工濕地。