本條例第二條規定縣(市)主管機關為縣(市)政府，其執行農地重劃之業務劃分如次：一、地政科(局)：重劃區之勘選、農地重劃計畫書之擬訂、土地測量、土地權利及使用狀況調查、地價及地上物補償之查估、重劃工程之規劃設計施工及所需工程費用預算決算之編製、土地分配與異議處理、權利清理、地籍整理、農路及非農田水利會管理之水路管理、維護、督導等事項。
二、農業局(科)：會同勘選重劃區、查估農作改良物補償，區內防風林之營造、農業區域發展規劃、農產專業區或各種農業經營計畫及農業機械化經營推行配合等事項。
三、建設局(科)：會同勘選重劃區、查估建築改良物補償，區內基層建設、區域性排水改善之配合及農田水利會管理之水路管理、維護之督導事項。
四、社會局(科)：會同勘選重劃區、查估墳墓補償，區內農村社區發展及墳墓拆遷公告等配合事項。
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