第5條企劃經理科掌理事項如下：一、國家自然公園計畫之籌設、擬訂、規劃、檢討及變更。二、國家自然公園區內（以下簡稱區內）之經營管理；國家自然公園事業與重大建設之規劃及研擬。三、區內土地使用申請案件之審核及用地之取得。四、區內建築線之指定與違章建築之查報及認定。五、區內公眾參與與住民（原住民）夥伴關係建立之推動及執行。六、區內法令之擬訂與資料之蒐集及研究。七、區內違反國家公園法事項之處理。八、其他有關企劃經理事項。