第16條秘書室掌理事項如下：一、本署印信之蓋用及典守。二、署長交辦機要文件之登收及處理。三、署務會報、主管會報等會議之召開及彙辦。四、重要方案、計畫、報告等資料之彙編及列管。五、業務督考、研究發展工作之彙辦、推動及列管。六、重要業務、上級指示、交辦案件之追蹤及列管。七、檔案管理之規劃、督導及執行。八、文書處理之規劃、稽催、管制及考核。九、事務用品採購、工友、辦公處所管理及出納業務。十、不屬其他各組、中心、室事項。