第16條安全檢查大隊掌理事項如下：一、空運旅客、航員及行李之安全檢查。二、空運貨物之安全檢查。三、航空器之清艙安全檢查。四、空運郵件總包之安全檢查。五、空運管制物與違禁物之核驗及查處。六、爆裂物品之處理。七、航空餐飲供應之安全檢查。八、國境安檢資訊之蒐報反映。九、其他有關安全檢查勤務及協辦。