秘書室分設七科，各科掌理事項如下：一、機要科(一)關於機要文件之處理事項。
(二)關於部、次長對外函件及文字之撰擬事項。
(三)關於通訊保密裝備之保管事項。
(四)關於部、次長參加會議時間之登記及洽辦事項。
(五)關於部、次長辦公室公文之整理、保管及會客登記、接待事項。
二、議事科(一)關於本室文書擬辦事項。
(二)關於部務會報與主管會談之準備、紀錄整理及分行事項。
(三)關於本部各單位陳核公文之登錄、送陳及查詢事項。
(四)關於本室不屬其他各科事項。
三、公共關係科(一)關於立法院、監察院有關會議、巡察事項之協調及聯繫事項。
(二)關於立法院、監察院各種建議案、決議案、質詢案之分辦、彙整、協調及聯繫事項。
(三)關於國民大會會議之協調及聯繫事項。
(四)有關立法委員、監察委員洽詢案件之服務事項。
(五)關於中外人士參觀訪問拜會之接待事項。
(六)關於輿論反應及新聞發布事項。
四、綜合計畫科(一)有關各項施政報告之撰擬及資料之提供事項。
(二)關於年度施政方針、施政計畫之彙編事項。
(三)關於中長程計畫之協訂及彙報事項。
(四)關於中長程公共建設計畫、社會發展計畫先期作業彙編及送審事項。
(五)直轄市政府年度施政計畫審查意見彙辦事項。
(六)關於年度委託研究及自行研究發展業務之彙辦、推動及評獎事項。
(七)關於為民服務及年度考核事項。
(八)關於本部民意調查項目及成果彙辦事項。
五、管制考核科(一)關於文書稽催查詢事項。
(二)關於代擬判行政院院稿之統計。
(三)關於公文定期查考、公文品質時效與交辦事項之管制及考核事項。
(四)關於本部及所屬機關年度由行政院列管或自行列管項目之審定、追蹤、管制、考核事項。
(五)關於年度施政計畫執行情形之檢查及年度考成之彙辦事項。
(六)關於行政院院會核定之重要方案、計畫、措施之追蹤管制及考核事項。
(七)關於行政院院長、部、次長之指示及行政院院會、重要會議、部務會議決議之追蹤管制事項。
(八)關於監察院糾正、調查案之查詢、追蹤管制事項。
(九)關於本部主管災害救助、復建事項之追蹤管制。
六、第六科(一)關於中部辦公室主管會報之準備、紀錄及分行事項。
(二)關於中部辦公室秘書室綜合業務。
(三)關於中部辦公室新聞稿之編擬及新聞發布事項。
(四)關於中部辦公室相關業務之輿情資料蒐集、分析及處理事項。
(五)關於國家重大建設計畫之彙辦事項。
(六)關於人民陳情案件處理事項。
(七)關於本部及所屬機關、學校出國人員報告之審查及簽辦事項。
(八)關於中部辦公室文書稽催查詢事項。
(九)關於辦理中部辦公室公文品質時效與交辦事項之管制事項。
(十)協助辦理行政院院會核定之重要方案、計畫、措施之追蹤管制及考核事項。
七、第七科(一)本部消費者保護業務計畫之彙編與推動事項。
(二)本部政府出版品管理及協調事項。
(三)關於本部重要措施之彙編事項。
(四)關於本部黎明辦公室文書稽催及查詢事項。
(五)關於科技化國家推動方案之彙辦。
(六)關於維護公共安全方案之管制。
(七)本部黎明辦公室相關業務輿情資料蒐集、分析及處理事項。
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