第5條特種勤務任務編組由國家安全局局長任指揮官,特勤中心副指揮官為副指揮官,襄助指揮全般特勤工作之執行,總統府侍衛長兼任副指揮官,專責執行有關總統與其配偶及家屬之特種勤務事項。特勤中心執行長兼任特種勤務任務編組執行長,承指揮官之命,襄助副指揮官,執行特種勤務。