第三局分設六科，各科掌理事項如下：一、第一科（一）關於總統、副總統宣誓就職典禮之辦理事項。
（二）關於國賓訪華、總統與外國元首簽署聯合公報及大使呈遞國書典禮之辦理事項。
（三）關於新任政務官宣誓典禮之辦理事項。
（四）關於贈、授勳章、贈匾等典禮之辦理事項。
（五）關於國定紀念日典禮及總統府月會之辦理事項。
（六）其他奉交辦事項。
二、第二科（一）關於請見總統、副總統文稿簽辦及賓客聯繫接待事項。
（二）關於總統、副總統等長官禮品之致贈事項。
（三）關於總統、副總統等長官宴、茶會之安排及接待事項。
（四）關於長官為婚、喪、喜、慶贈禮之辦理事項。
（五）其他奉交辦事項。
三、第三科（一）關於總統、副總統車隊之車輛安全檢查事項。
（二）關於車輛汰舊換新與各項監理及保險等辦理事項。
（三）關於車輛調度、養護、油料及停車管理等辦理事項。
（四）關於駕駛、修車技工之人事管理事項。
（五）其他奉交辦事項。
四、第四科（一）關於本府員工薪餉發放、薪資所得稅扣繳申報及員工各項獎金、補助費等發放事項。
（二）關於本府應支付款項支票之簽發、提領、零用金管理及經費結存報告表編製事項。
（三）關於職員退撫儲金及聘僱人員離職儲金扣繳事項。
（四）其他奉交辦事項。
五、第五科（一）關於技工、工友之人事管理事項及勞工保險、全民健康保險事項。
（二）關於公務財產、物品之管理事項。
（三）關於本府環境維護、消防安全管理、天然災害防制、水、電、通信等管理事項。
（四）關於慶典集會、宴、茶會等各項場地佈置事項。
（五）關於員工住宅輔建及購屋貸款事項。
（六）關於總統、副總統收受禮品之管理事項。
（七）關於本府開放民眾參觀事項。
（八）其他奉交辦事項。
六、第六科（一）關於本府營繕工程之採購及辦理事項。
（二）關於本府各項財物之採購及維修事項。
（三）關於本府各項勞務之採購事項。
（四）關於本府統籌事務費之結報事項。
（五）其他奉交辦事項。
本府醫務所由侍衛室軍職醫護人員組設之，其業務由第三局會同督導管理。
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