第二局分設五科，各科掌理事項如下：一、第一科（一）關於總統明令褒揚案件之簽辦事項。
（二）關於贈授本國及外國人勳章案件之簽辦，及外國授勳本國人請准佩帶案件之簽報事項。
（三）關於製發勳章、獎章、紀念章等案件之簽辦事項。
（四）關於印信之鑄發、銷燬等案件之簽辦，及印信啟用、套用等報備案件等處理事項。
（五）關於總統題頒匾額、題詞及頒發玉照等之簽辦事項。
（六）關於國內機關團體及民眾請柬之處理事項。
（七）其他奉交辦事項。
二、第二科（一）關於本府資訊應用系統之規劃、分析及辦理事項。
（二）關於資訊業務之推廣及教育事項。
（三）關於資訊作業委外服務案件之規劃及簽辦事項。
（四）關於資訊軟、硬體設備及網路之管理、維護及應用事項。
（五）其他奉交辦事項。
三、第三科（一）關於本府檔案之管理事項。
（二）關於製作檔案縮影及掃描事項。
（三）其他奉交辦事項。
四、第四科（一）關於文件之收發、分送及繕校等事項。
（二）關於典守及鈐蓋國璽、總統印、總統簽字章及總統、副總統職章等事項。
（三）關於典守及鈐蓋秘書長印、名章、簽字章及職章等事項。
（四）關於辦理新舊任總統、副總統就職授與印信，及新舊任秘書長印信交接事項。
（五）關於本府公報之編輯、校對及發行等事項。
（六）關於辦理本府圖書之購置、編目、借閱及保管等事項。
（七）關於辦理各界呈贈書刊之保管及函謝等事項。
（八）其他奉交辦事項。
五、第五科（一）關於本府資通安全維護計畫之研訂、實施等事項。
（二）關於本府資通安全維護工作之管理、稽核等事項。
（三）其他奉交辦事項。
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